冷却塔を循環する冷却水系統では、冷却水の濃縮に伴う汚れにより、様々なトラブルが発生し、冷凍機をはじめとする機器や設備に多大な悪影響を及ぼします。
スケールやスライムがコンデンサー銅チューブや冷却塔に付着すると、熱効率が極度に低下するため、冷凍能力が低下し、燃料や電力などのエネルギー消費が増大します。また腐食性物質の濃縮により機器に腐食が発生すれば、銅チューブがパンクするなどの莫大な修理費負担が発生します。
最近では、冷却塔がレジオネラ症を引き起こす原因となるレジオネラ属菌繁殖の温床となるケースもあることから、冷却水系におけるレジオネラ属菌対策も必要となってまいりました。